A történet a XXI-k század elején játszódik. A főszereplő Daniel Cross, aki magatartási broblémákkal és identitás zavarokkal küszködik. Folyton képek és jelenetek üldözik az egyik őse, Nikolai Orelov életéből. Nikolai egy orosz assasin volt, aki az első világháború alatt tevékenykedett a bolsevik hatalomátvételben. Daniel végül meg akar késelni egy embert, miközben a templomosokról hadovál, így talál rá Hannah és elviszi Daniel barátnukat a rend egyik titkos táborába. Nem sejtik, hogy az Abstergo egy titkos fegyver bevetését tervezi, aminek a célja a Mentor megölése...

Megismerkedünk egy újabb piece of eden-el, ami az orosz cári család legendás jogara. Természetesen sok mindenre választ kapunk a Hashashin rend összeomlásáról. Így világossá válik, hogy miért kell 10 évvel később Desmondnak bújkálnia és miért nem találkozunk más assasinokkal. 

Ez egy remekül megírt történet. Kötelező darab mindenkinek, aki bele akarja ásni magát az Assasin's Creed világába.